【土地资源】 2020年，防城港市土地总面积623861.88公顷，其中耕地91397.46公顷，园地14536.19公顷，林地392596.4公顷，草地30491.11公顷，城镇村及工矿用地27134.67公顷，交通运输用地8242.83公顷，水域及水利设施用地53930.28公顷，其它用地5532.94公顷。
【矿产资源】 防城港市矿产种类共有48种，占广西的33%，主要有煤、锰、叶腊石、花岗岩、砖瓦用页岩、石灰岩、建筑用河砂、建筑砂岩等；已查明储量矿产有28种，占广西的29%。矿产地有261处，其中大型矿床6处，中型矿床7处，小型矿床102处，矿（化）点146处。全市持证矿山42个，以砂石土矿山为主。
【海洋资源】 全市大陆海岸线长度约为537.79千米，海岛岸线长度约为156.7 千米，管辖海域面积近1万平方千米，全市共有海岛284个，其中有居民海岛2个，无居民海岛282个。防城港规划港口岸线94.857千米，其中深水岸线71.661千米；可建生产性泊位379个，其中万吨级以上深水泊位260个。整个港口全部建成后，港口年通过能力达货物10.35亿吨、客运440万人次，港区面积87.12平方千米。截至2019年底，全港生产性泊位达137个，其中万吨级以上泊位52个，20万吨级泊位3个；港口综合通过能力达1.641亿吨，其中集装箱通过能力187万标箱；航道总里程达38.344km最大通航等级为20万吨级三牙进港航道；已利用港口岸线16.343km，其中深水岸线11.112km；全市海产富足，20米等深线以内的浅海范围内，有浮游植物104种、浮游动物132种，各类海洋生物达1155种，其中，虾类35种，蟹类191种，螺类143种，贝类178种，头足类17种，鱼类326种。经济生物中，有20多种主要经济鱼类，资源量有6000吨，有10多种经济虾类，资源量有6000吨，有3种经济头足类，资源量有700吨。全市20米等深线以内的海域面积约15.44 万公顷，其中0～5米等深线的面积2.41万公顷，5到10米等深线的浅海水域面积达到7.53万公顷。防城港市的海水质量好，自然饵料充足，是各种海洋生物养殖的理想场所，海水养殖业发展的潜力很大。境内阳光充足，雨量充沛，气候宜人，拥有江山半岛省级旅游度假区和国家级4A景区——京岛风景名胜区等滨海旅游景区，发展滨海观光、休闲、度假旅游潜力巨大，具备打造滨海旅游胜地的资源禀赋。
【动物资源】 防城港市野生动物物种种类极为丰富，现发现陆栖脊椎动物共有397种，其中两栖动物29种，爬行动物69种，鸟类218种，兽类81种。国家保护的野生动物一级有云豹、金钱豹、巨蜥和蟒蛇等4种，国家二级保护动物有穿山甲、猕猴、黑熊、虎纹蛙等58种；广西重点保护鸟类29种。
【植物资源】 防城港市日照充足，雨量充沛，良好的水热条件及多种多样的生态系统使境内有大量的植物栖息和分布。截至2020年年底，防城港市野生维管束植物在2500种以上，国家一级重点保护野生植物有狭叶坡垒、十万大山苏铁、膝柄木等3种，国家二级保护的野生植物有金毛狗、苏铁蕨、水蕨等20种。还有被誉为“植物界大熊猫”、“茶族皇后”的金花茶、显脉金花茶、东兴金花茶等3种金花茶组植物，是世界金花茶组植物分布重心。其他珍稀濒危植物有如鸡毛松、脉叶罗汉松等。此外，防城港市沿海滩涂生长3.59万亩的红树林，有木榄、秋茄、桐花树和白骨壤等17个种类，是全国红树林植物种类分布较多的地方，其中有2.13万亩被联合国环境规划署批准列入全球三大GEF红树林国际示范区。全市共有古树名木2744株。
【土特产品】 红姑娘红薯、上思香糯、牛大力、玉桂、八角、金花茶、海鸭蛋、光坡鸡等。
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