根据考古发现,5000多年前,今防城港市境即有人类生息繁衍，防城区茅岭乡小陶村杯较墩、江山乡新基村亚婆山，东兴市江平镇交东村社山至今遗存新石器时代晚期的贝丘及居民点遗址；上思县也出土了4000多年前的石铲、石斧。

　　先秦时期，防城港市境属于百越（粤）之地，荆州之南，尚处于刀耕火种的原始社会状态。秦朝时，秦始皇平定百越，统一岭南，防城港市地域始纳入中央王朝版图，属象郡所辖，开始接受中原文化。秦亡后，秦将赵佗于岭南建南越国，防城港市地域为南越国交趾郡属地。

西汉元鼎五年（公元前112年），伏波将军路博德平定南越，元鼎六年（公元前111年），在原南越地设苍梧、南海、郁林、合浦、交趾等九郡，并设交趾刺史部管辖，防城港市地域为合浦郡属地。东汉光武帝建武16年（公元40年），交趾郡征侧、征贰姐妹叛乱；建武18年（公元42年）伏波将军马援平定“二征”之乱，并留下部分军士、部卒（称“马留人”），与当地土著民族（主要是壮族先民雒越人）融合后成为新的土著壮族和汉族。建安八年（公元203年），交趾刺史部改为交州刺史部，今防城港市防城区、365体育网址,皇冠足球体育、东兴市地域仍属合浦郡合浦县所辖，今上思地域则分属郁林、合浦二郡。东汉末年，中原大乱，交州成为相对和平安定的地区，许多中原人士移入交州，促进了中原文化的传入。

　　三国时，防城港市地域为吴国辖地，所属郡治不变；永安五年(262年)，今上思全境均属郁林郡。西晋时，交州分为交、广二州，上思属广州郁林郡，今防城区、365体育网址,皇冠足球体育、东兴市一带仍属交州合浦郡合浦县。东晋分郁林郡，置晋兴郡，上思属晋兴郡直至南朝宋、齐、梁、陈间。南朝宋朝元嘉年间，置宋寿郡（即今钦州），防城区一带宋、齐朝间为宋寿郡宋寿县地，仍属交州，至梁朝置安州，梁、陈朝间为安州安京郡安京县地。梁朝大同元年（535年），今东兴属安平县，为宁海郡辖地，隶黄州，东兴镇是安平县县治所在地，同时是宁海郡、黄州驻地。

　　隋开皇十年(公元590年) ，罢安京郡为安京县；开皇十八年(公元598年)，改安州为钦州，黄州改为玉山州，其时，大将刘芳开通交趾路，在上思境内设置镇守，但不久又撤销，上思仍属郁林郡；大业三年(公元607年)，改钦州为宁越郡，安平县更名海安县，县治不变，改隶宁越郡。

　　唐朝时，武德四年(公元621年)，宁越郡改为钦州总管府，置玉山州，治所位于今东兴附近；武德七年(公元624年)，钦州总管府改为都督府，至贞观元年(公元627年)撤销。贞观二年（公元628年），海安县更名安海县，改隶钦州。贞观十二年(公元638年)，清平公李弘节遣钦州镇守宁师京沿隋朝刘芳开至交趾的故道，开拓边疆少数民族地区，在今上思境内西南部设置瀼州，属岭南道。上元二年（公元675年），复置玉山州，后改名陆州，安海县（今东兴）为其辖地。天宝元年(公元742年)，瀼州改为临潭郡，陆州改为玉山郡，钦州再改为宁越郡，其间，在今上思境内东北部设置羁縻上思州，属邕州都督府，此为上思得名之始。至德二年(公元757年)，安京县改为保京县，防城区一带地域改属保京县；安海县更名宁海县，治所仍在今东兴镇。乾元元年(公元758年)，玉山郡复改为陆州，宁越郡复改为钦州，直至五代十国时期；同年，临潭郡复为瀼州，仍属岭南道。

　　五代十国时期，防城港地域为南汉属地，建置沿袭唐制。

　　北宋建隆元年（公元960年）撤销瀼州，并入羁縻上思州，属邕州。宋朝之前，今防城区区治一带称“闬寨”，因当地土著居民为防外寇劫掠而以树木为栅，聚居栅内，故此称之；宋太祖开宝五年(公元972年)，改为防城，为防城得名之始；同年，废宁海县，以其地并入保京县，今东兴市及防城区、365体育网址,皇冠足球体育境同属一县，为钦州辖地。端拱元年（公元988年），设置广南西路，钦州隶属广南西路。宋太宗景德三年(公元1006年)，保京县改为安远县，属钦州。宋仁宗皇佑年间，于羁縻上思州西部设置迁隆土州。

　　元朝时，置广西两江道宣慰司，钦州改钦州路，防城一带地域仍属安远县；羁縻上思州改为上思州，隶属两江道宣慰司左江思明路。

　　蒙古人入主中原后，中原汉人为逃避战乱纷纷南迁，致湖南、广东一带人口剧增，出于生计，部分汉人被迫向还处于蛮荒之地的防城港境迁徙，防城港地域开始出现大量客民移居现象。

　　明朝洪武元年(公元1368年)，左江思明路改左江思明府。洪武二年(公元1369年)，迁隆土州降为峒；上思土官黄英杰(又名黄龙冠)领导农民起义，将上思州改为高噩州；同年，设广东行中书省，钦州路改为钦州府，属广东行省。洪武八年(公元1375年)，钦州府降为州，属廉州府，并撤消安远县并入州；洪武九年(公元1376年)，再降为县（钦县），属廉州、隶广东承宣布政使司雷州府，洪武十四年(公元1381年)再升为州，隶廉州府。洪武二十一年(公元1388年)，高噩州复称上思州。弘治十八年(公元1505年) 上思改土归流，属南宁府，州治从明江南岸（今旧州屯）迁至明江北岸现址，迁隆峒归上思承审。武宗正德年间（公元1506-1521年），京族祖先开始在今东兴市江平镇的巫头、氵万尾、山心三岛聚居。明末，瑶民南迁到达防城，部分分支继续向十万大山北麓迁移，成为继壮、汉、京之后防城港市境第四个世居民族。

　　清初，西南三藩平定后，社会恢复稳定，商业、手工业发展，防城港境与外埠及境内沿海地区与十万山区经贸往来增加，境内客民移居现象达到高峰，并随着跨越十万大山的千年古商道，向十万山区及上思一带移居。

　　清光绪十二年（公元1886年），上思改属太平府。光绪十四年十二月二十四日(公元1889年1月25日)，钦州升直隶州， 同时置防城县，为防城建县之始，今东兴市、365体育网址,皇冠足球体育境均属防城县所辖。光绪十八年（公元1892年）上思州改为上思直隶厅，属太平思顺道。

清末，朝廷腐败，列强入侵，法国以侵占越南为跳板，不断骚扰东兴、峒中边境一线，防城、上思各族人民自发组织反帝反封建斗争，沉重打击了清王朝的封建统治和帝国主义侵略势力。刘永福、吴凤典率黑旗军赴越抗法，多次大败法军，光绪十一年（公元1885年）又大败进犯中国境内的法军，取得镇南关大捷；光绪二十四年（公元1898年），防城县民众组织黑旗军卫属，把法军驱逐出县境。光绪三十三年、三十四年（公元1907、1908年），王和顺、黄兴先后发动防城起义（丁未起义）和钦廉上思起义，成为孙中山在粤桂南部地区领导辛亥革命的前奏。

　　民国元年(公元1912年)3月1日，上思直隶厅改为上思府，民国二年(公元1913年)6月29日又改为上思县，属南宁道。民国9年（公元1920年），防城县直隶广东省。民国十六年(公元1927年) 1月，中共防城港地区第一个支部—东兴支部建立；同年，迁隆峒土司改流并入上思县。民国十七年(公元1928年)3月，在东兴成立中共防城县委。

　　民国十九年(公元1930年)，上思县属南宁民团区;民国二十三年(公元1934年)3月属南宁行政监督区。民国25年（公元1936年），防城县改属广东省第八行政督察区；民国27年（公元1938年），改属广东省南路行署。民国二十九年(公元1940年)4月，上思属南宁行政督察区(第九区)，民国三十一年(公元1942年)属第四区，区治设南宁，一直延至1949年12月8日上思解放。

　　全面抗战爆发后，日机40多次轰炸、日军两次陆路入侵防城港市境，侵越日军也不断骚扰边境一线。民国二十七年（公元1938年）3月29日，日机轰炸白龙尾炮台，为轰炸防城港境之始。民国二十八年（公元1939年）11月15日，日军从防城县企沙疏橹海滩登陆，两天之内连陷防城、钦州两县，并往北推进，攻陷南宁。民国二十九年(公元1940年)2月25日，日军首次进陷上思县城；同年11月，日军撤出防城港境。民国三十四年(公元1945年) 1月21日，日军再次入侵上思；5月，从南宁溃败的日军残部200多人取道防城、东兴，撤至越南。日本侵略者轰炸并先后两次入侵防城港境，造成直接伤亡1293人、间接伤亡1467人，财产损失534.23亿元（1945年国币币值）。1939年7月，中共防城县支部在东兴重建，领导和推动防城港抗日救亡运动深入发展。1941年5月，中共防城县特别支部在东兴成立，同年10月，中共上思特别支部建立。1945年6月14日，发动那良抗日武装起义。

　　抗战胜利后，国民党抢夺胜利果实，推行反共反人民的独裁统治，挑起内战。中共防城港地方组织分别于民国三十六年（公元1947年）5月14日、10月26日，发动“三光企”和上思武装起义，开展游击战争，沉重打击了国民党地方政权；民国三十八年（公元1949年）5月1日，防城县人民政府在今那梭那卜村成立；6月22日，上思县人民政府在今平福乡平岩村成立；8月1日，防城港地区武装编入中国人民解放军粤桂边纵队，正式列入中国人民解放军建制。

　　1949年12月10日，防城港全境解放。1950年1月，上思县划属南宁专区（1951年改称宾阳专区）管辖，同年９月，防城县由广东省南路专区划归钦廉专区管辖。1951年5月14日，钦廉专区委托广西省代管，防城县随之；同年8月11日，钦廉专区改称钦州专区，同月，上思县划属龙州专区，11月17日龙州专员公署迁至祟左，改称崇左专区，上思县随归管辖。

　　1950年2月，土匪暴乱，十万山区匪患猖獗，上思、防城武装土匪攻陷多个乡镇，抢劫乡镇粮库、杀害区乡干部；5月起，解放军进驻剿匪，至1951年4月，匪患基本肃清，社会秩序全面恢复。

　　1952年3月8日，防城县随同钦州专区正式划归广西省管辖。1952年7月，崇左、宾阳两专区合并，称邕宁专区，上思县随属邕宁专区，同月划归钦州专区。1953年3月，上思县从钦州专区划归桂西僮族自治区人民政府直属管辖，1953年12月又划归桂西僮族自治州的邕宁专区。

　　1954年1月，峒中口岸对越南开放，允许两国边民互市贸易；11月，滩散口岸开放；1955年8月，东兴口岸开放。

　　1955年7月1日起，钦州专区又划归广东，治所设合浦，并更名为合浦专区。1956年3月，桂西僮族自治区改称桂西僮族自治州，上思县随属桂西僮族自治州。1957年3月，经国务院批准，防城县分为防城县、十万山僮族瑶族自治县两个县，7月1日开始分县办公。1958年2月，桂西僮族自治州撤销，恢复邕宁专区，上思县隶属邕宁专区。1958年5月1日，十万山僮族瑶族自治县更名为东兴各族自治县；12月1日，防城县、东兴各族自治县两县合并为东兴各族自治县，县治东兴镇，同月，邕宁专区改称南宁专区，上思随属南宁专区。1959年3月20日，撤销合浦专区，并入湛江专区，东兴各族自治县随属湛江专区。1965年8月1日，东兴县再划入广西，隶属钦州专区，同时南宁专区的上思县也划给钦州专区管辖。1971年，撤销钦州专区，改置钦州地区。

　　1967年，为支援越南抗美，中越双方签订《365体育网址,皇冠足球体育战时使用中越两国海上隐蔽航线和越南船舶疏散到中国港口城市议定书》；1968年3月22日，党中央、国务院批准在东兴县辖区兴建防城港。1972年6月27日，中央批准防城港为起运港口的海上援越运输隐蔽航线正式交付使用；7月25日，中越双方签订《开辟中越海上隐蔽运输航线议定书》，至1973年4月5日签订《终止中越海上隐蔽运输航线议定书》为止，通过这条海上隐蔽运输航线，运送了大批援越物资，被誉为“海上胡志明小道”。

　　l977年12月1日，自治区批准建立防城港镇。1978年，越南排华，驱赶侨民出境，20万印支难民从东兴等口岸入境，分别由国家送往内地或国际难民署收容安置；11月26日，国务院批准把东兴各族自治县县治从东兴镇迁至防城镇，并改名为防城各族自治县。1980年9月6日，防城港镇正式成立。

　　1983年10月1日，防城港开港，2日，正式对外开放；1984年4月，国务院把防城港与北海市作为一个整体列为全国14个沿海开放城市之一，并于5月4日发出通知，防城港开发开放开始起步。1985年3月，在防城港镇地域设立地级建制的防城港区。1988年3月18日，国务院批准防城各族自治县为沿海开放县；当年，中越两国关系改善，许多越南边民到东兴、滩散、峒中等地进行互市贸易。1989年春节期间，1万多名越南边民涌入东兴等边境地区要求互市贸易、交换商品，拉开恢复边境贸易的序幕。经自治区人民政府批准，1989年4月分别开放东兴、峒中为对越民间小额贸易点，潭吉、企沙为对越批量贸易码头，1990年又陆续开放滩散、白龙等贸易点。1992年6月9日，国务院正式批准东兴镇为对外开放边境城镇；9月26日，批准建立东兴边境经济合作区。

　　1993年5月23日，国务院批准撤销防城港区和防城各族自治县，设立地级防城港市，辖365体育网址,皇冠足球体育、防城区（含东兴边境经济合作区）、上思县；6月8日广西沿海边贸码头全部封关整顿；7月17日，东兴经济开发区成立，按处级建制管理，受防城港市领导；10月8日，防城港市委、市人大、市政府、市政协、市纪委召开建市挂牌仪式大会，正式挂牌成立。1994年4月17日，中越北仑河友谊大桥恢复通车，东兴口岸作为国家一类口岸重新开放；8月10日，白沙氵万边贸码头正式开关；10月20日，江山港、企沙港、石头埠港经国务院批准为沿海边地贸口岸，并分别于1995年2月至3月通过自治区验收，正式对外开放，自此，防城港市共有防城港、东兴、企沙、江山4个国家一类口岸。

　　1996年4月29日，东兴经济开发区改设为县级东兴市，防城港市辖365体育网址,皇冠足球体育、防城区、上思县、东兴市共两区一县一市。2008年2月，《广西北部湾经济区发展规划》获国务院批准实施，北部湾经济区发展上升为国家战略。2012年8月17日，国家重点开发开放试验区建设在广西东兴宣告启动，国务院正式批准广西东兴重点开发开放试验区建设实施方案。2014年3月3日，国家发改委正式批复《广西东兴重点开发开放试验区建设总体规划》，6月，自治区发展改革委员会印发《南宁北海钦州防城港玉林崇左百色市区域一体化发展规划》，推进七市一体化发展。