广西防城港北投水务有限公司是广西北部湾水务集团有限公司控股子公司。2009年3月3日，防城港市人民政府与广西北部湾投资集团有限公司签订《防城港企沙工业区水务一体化项目投资与合作框架协议》，由防城港市人民政府指定防城港市城市建设投资责任公司（现更名为防城港市城市投资发展集团有限公司）与广西北部湾投资集团有限公司共同出资组建广西防城港北投水务有限公司；2009年4月29日，广西防城港北投水务有限公司正式注册成立，注册资本1000万元，广西北部湾投资集团占出资比例55%，防城港市城市建设投资有限责任公司占出资比例45%；2013年4月，公司第一次临时股东会决议决定以2013年1月1日作变更基准日，将广西北部湾投资集团的全部股权变更为广西北部湾水务集团有限公司持有；2016年7月5日，公司注册资本变更为39019.89万元，广西北部湾水务集团占出资比例57%，防城港市城市建设投资有限责任公司占出资比例43%。
2014年8月，广西防城港北投水务有限公司整合了由广西北部湾水务集团有限公司控股的防城港市群峰水利供水有限公司（水务集团占股75%）；2016年5月，整合了由广西北部湾水务集团有限公司控股的防城港市亿港自来水有限公司（水务集团占股99%），内部实现人员、业务一体化管理。根据广西北投环保水务集团有限公司深化机构改革需要，2020年12月28日，经市场监督部门核准登记，原直属企业“防城港市亿港自来水有限公司”正式更名为“广西防城港北投环保水务有限公司”。
